Структурно ИНЭС организован на базе постоянных центров и целевых программ, формируемых для решения конкретных научно-практических проблем. Институт имеет 16 зарубежных представительств, а также представительства в 25 городах РФ.
В настоящее время Институт ведет более 30 научно-исследовательских программ, охватывающих проблематику стратегического управления, сценариев развития России, глобальной конкурентоспособности, инновационных программ для ряда отраслей (энергетика, высокотехнологичный комплекс) и регионов. Институт является победителем тендеров на научно-практические работы по линии Минэнерго, МЧС, Росатома, Федеральной службы тарифов, РГНФ, РФФИ и др. Научная деятельность Института опирается на уникальные программные комплексы новейшего поколения («Россия, «Коалиция», «Регион», «Организация» и другие).
Институт выпускает академический бизнес-журнал «Экономические стратегии», входящий в список ВАК для научных публикаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук, журналы «Модуль@hse.ru», публикует книги и брошюры (реестр изданий превышает 800 названий общим тиражом более 2 млн. экземпляров).
ИНЭС оказывает широкий спектр консалтинговых услуг, прежде всего в области стратегического управления, подготовки предприятий к сертификации на соответствие требованиям международных стандартов управления.
В Ростехрегулировании зарегистрирована система добровольной сертификации "Регистр оценки соответствия" (СДС "РОС"), разработанная в Институте экономических стратегий. Регистрационный номер РОСС RU.И786.04ЯЧУ0.
В составе ИНЭС действуют: Ученый совет, Научно-методический совет, Экспертный совет по государственному и региональному управлению и межбюджетным отношениям.
С момента основания в образовательных программах ИНЭС приняли участие более 12 тысяч руководителей государственных организаций и предприятий.
В настоящее время в ИНЭС реализуется программа «Мастер делового администрирования» в области стратегического и инновационного менеджмента, серия специализированных образовательных программ по формированию надлежащих лидерских компетенций и социально ответственных и духовно облагороженных ценностей в деловой практике. Партнеры ИНЭС в образовательных программах - Национальный исследовательский ядерный университет (МИФИ), Московский авиационный институт, Международный университет природы, общества и человека «Дубна», Российский новый университет, Международный независимый эколого-политологический университет (академия МНЭПУ).
Под эгидой ИНЭС постоянно проходят научно-практические форумы, конференции, семинары. Экспертное сообщество, сплоченное ИНЭС, охватывает ведущих ученых России, Германии, Великобритании, Франции, США, Италии, Болгарии, Финляндии, Казахстана, Украины, Беларуси.
ИНЭС как организация и многие сотрудники лично осуществляют благотворительные проекты. С активным участием ИНЭС действует Клуб православных предпринимателей, Спасо-Преображенская община, реализуются программы общественного признания («Человек года», «Действующие лица века»). ИНЭС проводит конкурсы среди студенческой молодежи и молодых ученых.
Действует Меморандум о сотрудничестве между Институтом экономических стратегий и Секретариатом Евразийской экономической комиссии, в рамках которого проводится разработка и реализация научно-исследовательских программ и образовательных проектов; разработка учебно-методических комплексов; адаптация международных стандартов компетентности управленческих кадров в интересах евразийской интеграции, разработка новых требований, стандартов, регламентов образовательной, инновационной, экспертной, управленческой деятельности, практик социальной экологической ответственности; формирование научной и учебно-методической базы работы с кадровым резервом, создание и ведение кадрового резерва экспертов и руководителей проектов евразийской интеграции; разработка и реализация совместных издательских проектов; проведение коммуникационных мероприятий (форумов, конференций и т.п.); экспертиза и поддержка инновационных проектов в рамках евразийской интеграции; изучение, обобщение и информирование партнеров о положительном опыте Евразийского экономического сообщества в вопросах повышения конкурентоспособности, гармонизации экономической и нормативной деятельности.
ИНЭС также принимает участие в деятельности следующих организаций:
- Международная Академия исследований будущего (МАИБ)
- Международный институт Питирима Сорокина - Николая Кондратьева (МИСК)
- Международный стратегический инновационно-технологический Альянс (МСИТА)